灰域が拡大していく中、各ミナトは物資輸送および情報伝達の手段を得るため、灰域の中を渡航可能な移動要塞の一群、
通称「キャラバン」の建造を早急に進めた。
灰域によりほぼ全てのインフラが失われたＧＥ３の世界においては、キャラバンが人類唯一のライフラインとなっている。移動要塞一隻一隻は「灰域踏破船」と呼ばれ、キャラバンの母艦となる船はホームであるミナトの名前を冠するのが通例である。

灰域踏破船は灰域からの捕喰を抑制する
「対アラガミ装甲壁」に覆われている。

また、「感応レーダー」と呼ばれる装置を搭載することによって近隣の灰域濃度の感知、およびアラガミの位置情報を獲得することができるが、その性能はレーダーを運用するゴッドイーターの資質によって大きく左右される。

ミナト「ペニーウォート」所属のAGEである主人公は、幼馴染のユウゴらと共に日々過酷な任務を遂行しながら
何とか命をつないでいた。

ある日、任務に出撃していた最中、ペニーウォート周辺にて灰域の活性化現象「灰嵐」が発生、
ミナトは消失の危機に陥る。
ミナトに取り残された仲間たちを救う手立ても無く焦る主人公たちだったが、突如あるキャラバンから通信が入り、
アラガミの討伐依頼が持ちかけられる。

この依頼を受けたことで主人公たちの運命は大きく動き始める。

主人公たちの前に現れたキャラバンの灰域踏破船であり、
ミナト「クリサンセマム」の母船。

主として中規模の貨物の輸送業務を請負い、
灰域内での高速移動能力に優れているが、
同時に軽量化のため兵装は最小限に抑えられているため
船本体の戦闘能力は皆無に等しい。

「灰嵐」の発生による事件をきっかけに、主人公たちはクリサンセマムに一時的に搭乗することになる。

キャラバンのオーナーであるイルダから、キャラバンが灰嵐によって航行に必要な感応レーダーの担い手を失い、
更に破壊された航路の再建が必要であることを知った主人公たちは、
その役割を自分たちが担う代わりに対価を求めることにする。

それは主人公たちが共有する目標達成のための第一歩であった。

キャラバンは主人公たちが目標ポイントへの出撃、および安全確保を行うことで、
灰域内の失われた航路を徐々に開拓し、目的地に向かって進行していく。

主人公たちがミッションを攻略することによって、地図上のビーコンの信号がつながっていき、
徐々にキャラバンの航路が再建されていく。