灰域の発生に伴い、既存のゴッドイーターの運用可能範囲が大幅に縮小され、
程なくして人類は物資調達、ミナトの防衛力確保といった問題への対処を余儀なくされた。
そこで灰域への一定の耐性を持つ新たなゴッドイーター、AGEの研究開発が一気に進行し、
各ミナトにおいてその適合試験が行われた。

しかしながら、まだ研究途上にあるAGEの適合試験は成功率が極めて低く、
運良く適合試験を通過できたとしても、後遺症などのため再起不能になる者も多い。
辛くも適合試験に合格した主人公とユウゴは、この日からペニーウォート所属のAGEとして、
過酷な日々を送ることとなる。